Powstanie kościoła ściśle wiąże się z bożogrobcami, którzy zostali sprowadzeni do Nysy z Miechowa pod Krakowem już na przełomie XII i XIII wieku. Zakon wiele razy zmieniał swoją siedzibę. W latach 1708-1713, dzięki wsparciu biskupa, najpierw pobudowany nowy obiekt klasztorny. Później, w latach 1720-1727, niedaleko pozostałości po starym kościele bożogrobcy wybudowali obecną świątynię. Autorem projektu i pierwszym budowniczym był pochodzący z Węgier Michał Klein, a od 1725 roku prace kontynuował Feliks Antoni Hammerschmidt.
Co ciekawe, w 1810 roku kościół na krótki czas stał się fabryką mydła. W XIX wieku w klasztorze znajdował się szpital, a w latach 1949–1997 był siedzibą wyższego seminarium duchownego. Dziś mieści się tu Diecezjalne Gimnazjum i Liceum Humanistyczne oraz Diecezjalny Dom Formacyjny.
Od 2 sierpnia 1999 roku jest kościołem głównym nowo utworzonej parafii świętych Apostołów Piotra i Pawła, wydzielonej z parafii św. Jakuba.
Historycznie budynek był wkomponowany w mury obronne miasta i szczęśliwe przetrwał pożar Nysy w 1945 roku. Dziś możemy podziwiać jego dwie wieże, które unoszą się nad centrum Nysy.
48-300 Nysa
Polska
